HCMIU- TBI được thành lập trên cơ sở dự án thử nghiệm hợp tác giữa sở KHCN TP.HCM và trường Đại học Bách Khoa trong triển khai ứng dụng kết quả của đề tài nghiên cứu về xây dựng vườn ươm DN KHCN trong Trường đại học. Trung tâm hoạt động chính thức từ tháng 01/2010 và được cấp giấy phép hoạt động KHCN vận hành theo cơ chế tự chủ tài chính từ tháng 06/2012. Trung tâm là một trong những cơ sở ươm tạo doanh nghiệp công nghệ đầu tiên trong các trường đại học ở Việt Nam.